サラリーマン、三上悟は通り魔に刺されて死んだ。ところが意識が戻ると三上はなんとスライムへと転生していた!　しかも300年前に封じられた暴風竜ヴェルドラが話しかけてくる。スライム三上の運命は……!

スライム三上は暴風竜と友達になり、互いに名前を送り合う。かくしてスライム三上はリムルと名乗ることになった。リムルはヴェルドラを封印から解放しようと試みるが、それは周辺諸国に大きな衝撃を与えることになる。

洞窟を出たリムルが出会ったのは、牙狼族の襲撃に追い詰められたゴブリンたち。なりゆきでゴブリンたちの戦いの手助けをするリムル。そしてその夜、ジュラの森の支配者の座を狙う牙狼族が襲ってきた!

リムルたちは、衣食住を支えてくれる技術者を求めてドワーフの王国・武装国家ドワルゴンを訪れる。ところが入国の際のトラブルでリムルたちは牢獄に囚われてしまう。そこに鉱山でアーマーサウルスが暴れているという報告が入る!

鍛冶屋カイジンのピンチを救ったリムルは、エルフの店で祝杯をあげていた。そこに現れたのはカイジンを目の敵にするベスター大臣。大臣がリムルをバカにしたため、カイジンはベスターを殴り飛ばしてしまう。

近隣のゴブリンたちも合流してますます賑やかになる村。そんなある日、リムルは自由組合(ギルド)の冒険者、カバル、エレン、ギドと遭遇する。そこにはリムルと同じ日本から呼び出された、召喚者のシズもいた。

魔王レオン・クロムウェルによって、空襲に燃える東京から召喚されたシズ。彼女はレオンによって上位精霊イフリートを憑依させられていた。そのイフリートがシズの体を乗っ取り、暴走を始める。

魔王レオンのもとにいたシズを救い出したのはある勇者だった。その勇者のことを胸に、長い間、人々を救うために働いてきたシズ。そしてシズは今、最期の時を迎えようとしていた。シズはリムルに最期の願いを伝える。

リムルたちの村の開発は着々と進んでいた。ひとり洞窟で新たなスキルを試していたリムルに救援要請が入る。駆けつけると、6人の大鬼族(オーガ)がいた。大鬼族(オーガ)は言う。「正体を現せ、邪悪な魔人め」

大鬼族(オーガ)たちは、豚頭族(オーク)の軍勢に襲われた生き残りだった。豚頭族(オーク)たちは武装し、道化の仮面の魔人も同道していたという。リムルは大鬼族(オーガ)に自分の部下にならないかと持ちかける。

大鬼族(オーガ)のベニマルたちを迎え入れ、さらに仲間が増えたリムルの村。そこに蜥蜴人族(リザードマン)のガビルがやってくる。ガビルは、豚頭族(オーク)の侵攻に怯えるゴブリンの村々を従えようとしていたのだ。

災厄の魔物・豚頭帝(オークロード)と、豚頭族(オーク)の軍勢がジュラの森を席巻しようとしていた。この危機に動いたのは大森林の管理者・樹妖精(ドライアド)のトレイニー。彼女は森で台頭してきたリムルに目をつけていた。リムルに豚頭帝(オークロード)の討伐を依頼する。

蜥蜴人族(リザードマン)と同盟を結ぶため湿地帯を目指すリムルたち。道中、リムルたちは豚頭族(オーク)に襲われていた蜥蜴人族(リザードマン)を助ける。それはガビルの妹だった。ガビルの妹は、先走る兄を助けてもらえるようリムルに懇願する。

ついに魔人ゲルミュッドが姿を現す。ゲルミュッドの真の狙いは豚頭帝(オークロード)を豚頭魔王(オークディザスター)へと進化させ、ジュラの森を支配させることだった。ゲルミュッドの真意を感じ取った豚頭帝(オークロード)はある行動に出る。

豚頭族(オーク)との戦いの戦後処理が始まった。そこでリムルは豚頭魔王(オークディザスター)・ゲルドの最期に「リムル自身がオークの罪を背負う」と約束をしたと打ち明ける。それを聞いた蜥蜴人族(リザードマン)、大鬼族(オーガ)がとった行動とは…。

穏やかな日々が続くある日、破壊の暴君(デストロイ)のふたつ名を持つ魔王・ミリムが突如、中央都市リムルを襲撃する。その強大な力の前に圧倒されるランガやベニマルたち。果たしてミリムの狙いは…。

中央都市リムルを、魔王・カリオン配下の三獣士のひとり、魔人フォビオが来襲する。だがフォビオはミリムの返り討ちにあい瞬時に倒されてしまう。リムルたちはフォビオに、この国を訪れた目的を問いただす。

ミリムに負けた怒りが収まらないフォビオ。その前に現れた、中庸道化連の2人の道化は、フォビオも魔王になればミリムに対抗できるとそそのかす。暴風大妖渦(カリュブディス)の力を使えばそれが可能になると言う。

封印を解かれた暴風大妖渦(カリュブディス)は、空泳巨大鮫(メガロドン)を引き連れて、中央都市リムルを目指して進む。リムルたちは総力をあげてこれを迎え撃とうとするが、暴風大妖渦(カリュブディス)はあまりに強い。

リムルは夢を見る。それはシズがイングラシア王国で、召喚された子供たちの先生をやっている夢だった。シズの未練を晴らすため、イングラシア王国の王都を目指すことを決めるリムル。そこにはシズの教え子たちが待っているのだ。

シズの教え子たちの先生となるリムル。しかし、一方的に召喚され、限られた寿命となった子供たちの胸中は複雑で、リムルにも反抗的な態度をとってくる。そこでリムルは、模擬戦をしようと子供たちに持ちかける。

自由学園の子供たちはやがて死ぬ運命にあった。だが、リムルは上位精霊を宿らせれば子供たちを救うことができると考える。そこでリムルは子供たちとともに、上位精霊がいるという「精霊の棲家」へと足を踏み入れる。

うまく精霊を呼び出すことができるのか。精霊の棲家の最深部にたどり着いた子供たちは、順番に光の台座の上で精霊を呼び出すことに挑戦する。それを見守るリムル。そして、子供たちに応えるように姿を現す精霊たち……。

これはリムルが転生してくる前の物語。フィルウッド王国が多くの冒険者を集めて、復活した悪魔の退治を依頼する。そこには「爆炎の支配者」の二つ名で知られるシズの姿もあった。だがこの依頼には大きな裏があった。

リムルの中に取り込まれたイフリート。気がつくと、彼は暴風竜ヴェルドラを前にしていた――。ヴェルドラはイフリートを自分がいる場所へ誘導し、話し相手にしたのだ。こうして、ヴェルドラとイフリートはリムルの中から彼の行動を見守ることに。ヴェルドラとイフリート視点で、本編映像を振り返ります。

ヒナタは、「ジュラ・テンペスト連邦国」について書かれた親書を受け取り、リムルの存在を知ることになる…。新章への予感とともに、リムルの歩みを振り返る特別編。

魔王カリオンの治める「獣王国ユーラザニア」との国交を結ぶことになったリムル。相手の使節団を迎え、もてなす準備をしていたが、やってきたのは大型魔獣白雷虎(サンダータイガー)が牽引する、物々しい虎車だった。

一悶着あったものの、ユーラザニアとの国交を結ぶことができたリムルは、続いて武装国家ドワルゴンにて行われる友好宣言の式典へ赴くことに。ところが、自分も同行させて欲しいと駄々をこねるシオンが大暴れして…。

ガゼル王との会談と、武装国家ドワルゴンとの二国間友好宣言に伴う民衆への演説。ふたつの大仕事を終えたリムルは、シュナとシオンの目を盗んで、かつてゴブタと約束した「あの楽園」に意気揚々と向かうのだった。

リムルの帰還を控え、宴の準備を進めるテンペスト。そこに、ヨウム一行が新メンバーの魔導士(ウィザード)ミュウランを伴い到着。一方、ファルムス王国では不穏な動きが…

クレイマンの指示により行動を起こすミュウラン。そしてもう一つの勢力――ファルムス王国が送り込んだ三人の異世界人が、盟主不在のテンペストに牙をむく。

テンペストが攻撃を受ける中、リムルの前にも刺客が現れる。それは、シズのもうひとりの教え子である、最強の聖騎士(ホーリーナイト)――ヒナタ・サカグチであった。

ヒナタとの戦闘で絶体絶命の状況に陥り、最後の手段、暴食者(グラトニー)を発動したリムルの運命は――。その頃、テンペストは悲壮な血と煙に包まれていた…。

クレイマン、そしてファルムス王国の企みを知るリムル。仲間の命と温かな日常を失い、失意の底で目を伏せるリムルの耳に飛び込んだのは、エレンの意外な言葉だった。

「俺は魔王になろうと思う」――自らにケジメを付け、シオンたちを蘇生させるため、決戦を前にリムルは仲間たちに人間だった過去を打ち明ける。

雪辱戦の口火がきられた。ベニマル達は各々の任務を遂行していく。ハクロウたちも再度ショウゴとキョウヤとの戦いに挑む。そしてリムルの怒りが、ファルムス軍を包みこむ。

進化に必要な魂を確保したリムルに「魔王への進化(ハーベストフェスティバル)」が訪れる。強烈な睡魔に襲われたリムルは、取り逃した敵を捕らえるため、悪魔を召喚する。

仲間の蘇生にも成功し、何とか事なきを得たテンペストだが、問題は山積みで……。そんな中、智慧之王(ラファエル)から「無限牢獄の解析に成功した」と吉報が舞い込む。

胃袋の中から、そっとリムルを見守り続けてきたヴェルドラとイフリート。相変わらずの2人が、いろいろあったテンペストのこれまでをマイペースに振り返る。

仲間達の蘇生とヴェルドラの復活。それを祝した宴も終わり、今後の方針について会議が始まる。リムルは全世界に向けて魔王を名乗り、クレイマンへの宣戦布告を決意する。

テンペストで各国の要人が集まり会議が開催される中、ラプラスたちはクレイマンにまつわる計画を企てていた。そこには、とある人物も同席していて―――。

リムルはファルムスの新たな王にヨウムを擁立するという計画を発表。それを聞いたガゼル王はヨウムに覚悟を問う。そんな会議の様子を黙って聞いていたエラルドだったが…。

「ジュラの大森林の新勢力であるスライムが魔王を騙ったため、制裁する」という議題で、クレイマンがワルプルギスを発議した。リムル達はクレイマン討伐に備えるが…。

ユーラザニアの民の救出、クレイマン軍への対抗。後手に回ったリムルは「智慧之王(ラファエル)」からの助言を受ける。さらに、クレイマン討伐の策は秘書からの進言で!?

予想外の抵抗を見せるリムルに、怒りを募らせるクレイマン。一方、最古の魔王ギィと魔王レオン、そしてヴェルドラの姉ヴェルザードは、リムルへの関心を強めていた。

転送魔法で一気にユーラザニアに到着したベニマル達。ついにリムルVSクレイマン両軍が激突する。カリオンの生存を信じる三獣士はテンペスト軍と共に敵軍将の討伐に挑む。

依然として激しい戦いが各地で繰り広げられる中、三獣士のスフィアは竜を祀る民、ミッドレイに苦戦を強いられていた。一方のアルビスはヤムザを追い詰めるが…。

リムルは、ついに魔王達の宴(ワルプルギス)へと赴く。一方で、シュナたちもクレイマンの領地に向けて出発するが、城の近くに到着すると同時に敵の妨害を受けてしまう。

リムルとクレイマンの一騎打ちになるかと思いきや、クレイマンは洗脳したミリムをけしかける。ミリムの相手はリムルが引き受け、クレイマンはシオンが迎え撃つことに。

クレイマンの手駒も、クレイマン自身も、リムル達に全く歯が立たない。窮したクレイマンは、ミリムに狂化暴走(スタンピート)を発動させ、皆殺しにするよう命じる。

覚醒を果たしたクレイマンと対峙するリムル。長く続いたクレイマンとの因縁に終止符を打つため、そして名実ともに魔王へとなるために最終決戦へと臨む。

魔王達の宴（ワルプルギス）でクレイマンを倒し、リムルは正式に魔王に、 そして八星魔王(オクタグラム)の一員となった。その頃テンペストでリムルの帰りを待つディアブロは、一刻も早く主の活躍を知りたくてたまらない。そこでワルプルギスに参加していたヴェルドラに、ある契約を持ち掛ける。ディアブロ、ヴェルドラ2人の解説で、魔王達の宴（ワルプルギス）での出来事を振り返る特別編。

クレイマンを倒し魔王達の宴（ワルプルギス）から帰還したリムル。しかしファルムス王国への内部工作は進行中。攻略を一任されているディアブロは、悪魔的な計略の全貌をリムルに披露する。

クレイマンの死に悲しむユウキと、ロイの死を悼むルミナス。二つの陣営はそれぞれ仲間を失い、悲しみに浸りつつも、真なる魔王となり力を増したリムルへの、次なる一手を探る。